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Die Grüne Anakonda wird im Washingtoner Artenschutzabkommen unter Anhang 2 gelistet, und gilt somit als gefährdet. Sie ist zudem in vielen Bundesländern meldepflichtig.
Die Gefährdung der Grünen Anakonda in ihrem Lebensraum ist hauptsächlich durch den Raubbau an der Natur bedingt wie Brandrodungen für Ackerland sowie Verschmutzung der Flüsse und Sümpfe.
Zudem werden viele paarungswillige Männchen auf ihren Wanderungen zu Beginn der Regenzeit auf den Landstraßen überfahren.
Der Lebendtierexport für terraristische Zwecke ist unerheblich, und liegt im Bereich von 800 Tieren im Jahre 2004. Unterdessen ist der Hauthandel praktisch komplett zum Erliegen gekommen. 2006 hat Brasilien ein Exportverbot beschlossen, womit der allgemeine Handel mit Murinus ebenfalls eingeschränkt wurde.
Für die Haltung von Anakondas, die unter "potentiell Gefährliche Tiere" eingestuft werden, wurden entsprechende Auflagen erstellt, die jedoch von Bundesland zu Bundesland komplett verschieden sind. Über diese sowie über die Meldepflicht gilt es sich vor Erwerb einer Grünen Anakonda zu erkundigen.
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